La Seconde Guerre Civile des Jedi
Quatre années après la victoire de Revan et des Jedi lors de la première Guerre Civile des Jedi, alors que tout le monde croyait la paix revenue, les Sith firent leur réapparition afin de dominer la galaxie et exterminer les Jedi.
A l'origine de ce mouvement ce trouve Kreia, qui avait formé Revan lorsqu'elle était encore Jedi. Cependant, lors des Guerres Mandaloriennes, le Conseil Jedi refusa d'y participer et Revan, ne supportant pas de voir des innocents mourir, défia e Conseil et s'engagea dans les Guerres. Plusieurs Jedi le suivirent et Revan triompha des Mandaloriens sur Malachor V. Malheureusement, ce dernier avait succombé du Côté Obscur. Considérant Kreia coupable des actes de Revan, le Conseil Jedi de Coruscant l'exila et elle partit sur Malachor V. Elle y découvrit une ancienne Académie Sith et sombra peu à peu dans le Côté Obscur et pris le nom de Darth Traya.
Elle forma deux apprentis (Darth Sion et Darth Nihilus) afin de reformer les Sith. Malheureusement pour elle, Darth Sion et Darth Nihilus se retournèrent contre elle et rompirent son lien avec la Force.
Les deux Seigneurs Noirs de la Sith commencèrent à semer la terreur dans la galaxie et les Jedi durent faire une réunion exceptionnelle sur Katarr afin de réfléchir à cette menace. Sentant un regroupement de Jedi, Dark Nihilus alla sur place avec sa flotte et bombarda la planète tuant des dizaines de Maître Jedi tels Zhar Lestin ou Maître Dorak anéantissant aussi la race des miraculas. Dark Nihilus prit pour apprenti l'une des dernières représentantes des miraculas, ayant pour nom Visas Marr.
L'Ordre Sith de nouveau sur pieds, Dark Sion et Dark Nihilus traquèrent les derniers Jedi et mirent des primes sur leurs têtes. Les plus grandes organisations telle que l'Echange travaillaient désormais pour les Sith. Une fois les que les Jedi furent massacrés Dark Sion ne vit plus qu'un homme pouvant nuire au règne des Sith : l'Exilé.
En effet, cet ex Jedi se trouvait à bord d'un vaisseau de la République lorsque Dark Sion pénétra dans le vaisseau. Avec ses soldats, il tua tous les membres de l'équipage mais on se sait comment, l'Exilé se trouva à bord de l'Ebon Hawk et s'enfuit. A cause des tirs ennemis, le vaisseau fut gravement touché et il fallut les talents de T3-M4 pour le réparer l'hyper drive et atterrir sur Peragus. Les ouvriers travaillant sur Peragus trouvèrent l'Exilé et le mirent dans une cuve bacta.
Lorsqu'il se réveilla, l'ex Jedi était seul et chercha de l'aide. Il trouva dans la morgue Kreia, qui était entré involontairement dans une transe. Ils discutèrent et l'Exilé laissa Kreia se reposer tandis que lui, partit chercher un moyen de quitter la planète. Il dut combattre des droïdes et il retrouva peu à peu son lien avec la Force et créa un lien avec Kreia qui le guida dans son périple. Il délivra Atton Rand et le jeune homme aida l'Exilé afin de s'en aller de cet endroit. Ils ne trouvèrent aucun signe de vie et ne purent contacter qu'un droïde (T3-M4) qui aida les deux humains dans leur action.
Quelques heures plus tard, Atton et l'Exilé revinrent prendre Kreia. Ils entrèrent dans le vaisseau de la République qui était arrivé quelques instants plus tôt et durent combattre des soldats Sith. Ils parcoururent l'habitat lorsqu'ils rencontrèrent Darth Sion. Kreia engagea le combat mais elle perdit une main tandis que Atton et L'exilé allèrent vers l'Ebon Hawk. En chemin, ils trouvèrent T3-M4 et tous trois allèrent au vaisseau. Ils combattirent encore et purent fuir de Peragus lorsque Kreia fut arrivée.
Ils allèrent sur Telos et après s'être fait volé l'Ebon Hawk rencontrèrent Bao-Dur. Le Zabrak les aida pour retrouver le vaisseau et les compagnons trouvèrent un Temple Jedi au pole Nord de la planète. Ils y entrèrent et retrouvèrent l'Ebon Hawk après avoir discuté avec Atris, ancienne membre du Conseil Jedi de Coruscant. Elle lui donna une liste avec le nom des Maîtres Jedi ayant survécut à la purge pour qu'il les retrouve et puisse élaborer un plan avec eux. Cependant, il eut un nouveau compagnon, en la personne d'une servante d'Atris qui voulait voir si ce que disait sa Maître sur l'Exilé était vrai ou faux. L'Exilé accepta l'aide de la Servante, spécialiste dans le combat Echani.
Ils partirent sur Korriban, ancien berceau des Sith afin de retrouver la Maître Lonna Vash. Une fois arrivés, ils entrèrent dans l'ancienne académie Sith afin de la retrouver. Ce fut chose faite mais malheureusement, la Jedi avait été tuée par les Sith. En ressortant, ils durent une nouvelle fois faire face à Dark Sion. Celui ci pris facilement le dessus mais l'Exilé et ses amis prirent la fuite dès qu'ils en eurent l'occasion.
Une fois parti de Korriban, ils partirent en direction de Dantooine où, selon les données de Atris, devait se trouver Vrook Lamar. Une fois arrivée, l'Exilé avoir voir l'administratrice de Khoonda pour demander des renseignements sur la possible cachette de Vrook Lamar. Elle avoua que la dernière fois qu'il fut aperçut, ce fut dans les ruines de l'ancienne enclave Jedi. Il y pénétra mais ne trouva aucune trace du Maître Jedi. Il ressortit et alla dans la caverne aux cristaux et y trouva Vrook qui y était prisonnier. Il le libéra et retournèrent à Khoonda. L'administratrice appris du Jedi que Khoonda allait bientôt être attaqué par des mercenaires et elle demanda à l'Exilé de les aider. Il participa donc à la défence en réparant les tourelles et posant des mines puis encouragea les miliciens afin qu'ils soient au meilleur de leur niveau. Les mercenaires arrivèrent mais les miliciens de Khoonda triomphèrent. Vrook apprendra une technique de combat à l'Exilé et lui fournira la dernière pièce afin de finir la construction de son sabre laser.
Il repartit donc chercher les deux autres Maîtres Jedi et choisit d'aller sur Nar Shaddaa où était censé se trouver Zez-Kai Ell. Après de nombreuses activités visant à aider la population locale, l'Exilé rencontra une chasseuse de prime nommée Mira. Après avoir obtenu un rendez-vous au Jekk Jekk Tarr, L'Exilé rejoignit Mira dans sa cachette. Cette dernière l'assomma pour aller au rendez-vous à sa place. Lors de son réveil, l'Exilé se retrouva en face de Zez-Kai Ell. Il lui expliqua que s'il parvenait à libérer Mira, il le suivrait jusqu'à Dantooine. L'Exilé se rendit donc au Jekk Jekk Tarr et après avoir éliminer les membres de l'Echange, repartit avec Mira. Il rencontra de nouveau Zez-Kai Ell et celui ci accepta de se rendre sur Dantooine. L'Exilé se rendit donc sur Onderon afin de finir sa quête et trouver Maître Kavar. En orbite d'Onderon, Atton ne put faire atterrir l'Ebon Hawk et du se poser sur Dxun -lune d'Onderon-. Là, ils y rencontrèrent des mandaloriens et après les avoir aidés, Mandalore qui n'est autre que Canderous Ordo prêta un vaisseau à l'Exilé afin de se rendre sur Onderon.
L'Exilé arriva en pleine guerre civile et choisit vite son camp : les soldats royalistes. Il combattit donc contre le Capitaine Kadron qui était de mèche avec els Sith. Arrivé dans le palais, l'Exilé rencontre Maître Kavar et ce dernier lui demanda de libérer le palais. Ce fut chose faite et après des remerciements de la Reine Talia, il rentra sur Dantooine accompagné de Maître Kavar. Zez-Kai Ell, Maître Kavar et Vrook Lamar décidèrent de recouper le lien de l'Exilé avec la Force mais Kreia intervint et tua les Jedi. Elle prit alors la fuite.
Après cela, l'Exila décida de retourner voir Atris à l'Académie secrète de Telos. Au fil de la discussion, elle lui apprit que Dark Nihilus va d'ici peu attaquer Telos. L'Exilé alla prévenir les autorités afin de planifier la défence de la planète. Dès le début de l'attaque, Mandalore partit briefer ses troupes pour les préparer à la bataille. Il revint afin d'accoster le Ravageur avec l'Exilé et Visas Marr afin de tuer Dark Nihilus. Plusieurs mandaloriens les accompagnèrent pour détruire le vaisseau. Ils trouvèrent le Seigneur Noir de la Sith sur le pont. Ils le combattirent et le tuèrent. Ils partirent du vaisseau juste avant sa destruction. C'est une première victoire de la République sur les Sith.
L'Exilé alla donc sur Malachor V afin de trouver Kreia. Le vaisseau se crasha et l'équipage le remis en état pendant que l'Exilé partit à la recherche de Kreia. Il pénétra dans une ancienne académie Sith et dut affronter des dizaines de Sith. Il arrive dans une salle où Dark Sion l'attendait. Etant invincible, la seule solution pour l'Exilé de s'en sortir fut de ramener Sion du bon côté de la Force. Ce fut chose faite et Dark Sion mis fin à ses jours. Il put alors aller combattre Dark Traya et fut victorieux. La République triompha une nouvelle fois sur les Sith. Après avoir quitté Malachor V, l'Exilé partit sur la demande de Carth Onasi et Bastila Shan à la recherche de Revan dans les régions inconnues. Le dernier ordre que donna l'Exilé à Atton Rand, Visas Marr, Bao-Dur, Mira et Brianna (la servante), fut de reformer l'Ordre Jedi afin que la Galaxie vive dans la paix.